基于葉綠體DNA的秈-粳稻谷(米)SYBR-Green實時熒光PCR鑒定方法的建立

作者：陳文炳,邵碧英,林陽武,繆婷玉,彭娟,郭菁,陳彬,彭華毅

摘要：亞洲栽培稻分為秈稻(hsien或indica)和粳稻(keng或japonica)兩個亞種。基于秈-粳稻葉綠體DNA(cpDNA)的PstⅠ-12片段ORF100區域的序列差異,即秈稻cpDNA的ORF100區域缺失69 bp的堿基片段,建立秈-粳稻亞種鑒定方法。本文選擇典型的秈稻谷(米)樣品(臺秈11號)和粳稻谷(米)(東北珍珠大米)進行葉綠體DNA(cpDNA)PstⅠ-12片段的ORF100區域DNA的SYBR-Green實時熒光PCR擴增和測序,在秈-粳稻2個PCR產物序列比對的基礎上,設計正向引物4條(F1-F4)、反向引物3條(R1-R3),組合成12對引物進行優化篩選,選出F4R1引物對。在粳稻樣品中,檢出cpDNA PCR產物片段長度為204 bp(非缺失型),熒光PCR擴增熔解溫度Tm值為78.00;在秈稻樣品中,檢出cpDNA PCR產物片段長度為135 bp(cpDNA缺失型),熒光PCR擴增熔解溫度Tm值為76.50。建立了秈-粳稻亞種SYBR-Green實時熒光PCR鑒定方法。基于上述實驗結果,選擇國內多個省份的典型秈/粳稻品種與秈/粳型雜交稻組合共538個,對該秈粳稻米亞種鑒定方法進行驗證。在177個粳稻及粳型雜交組合樣品中,cpDNA熒光PCR熔解溫度Tm值為78.00的樣品170個,與粳稻符合率為96.05%,Tm值為76.50的7個樣品,不符合率為3.95%;在361個秈稻及秈型雜交稻樣品中,Tm值為76.50的樣品331個,與秈稻符合率為91.69%,Tm值為78.00的30個樣品,不符合率為8.31%。本方法只檢測一個遺傳穩定的細胞質葉綠體DNA位點,用于秈-粳稻米的亞種鑒定,簡便高效,準確率高。

發文機構：福州海關技術中心

關鍵詞：秈稻粳稻葉綠體DNASYBR-Green熒光PCR鑒定hsien(indica)ricekeng(japonica)ricechloroplast DNA(cpDNA)SYBR-Green fluorescence PCRidentification

分類號： S51[農業科學—作物學]